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全基因组甲基化测序

DNA甲基化是重要的表观遗传学标记信息,获得全基因组

DNA甲基化是重要的表观遗传学标记信息,获得全基因组范围内所有C位点的甲基化水平数据,对于表观遗传学的时空特异性研究具有重要意义。我们以新一代高通量测序平台为基础,结合全基因组Bisulfite处理和生物信息数据分析技术,进行低成本、高效率、高准确度的全基因组DNA甲基化水平图谱绘制。特定物种的高精确度甲基化修饰模式的分析,必将在表观基因组学研究中具有里程碑式的意义,并为细胞分化、组织发育等基础机制研究,以及动植物育种、人类健康与疾病研究奠定基础。

 

分析项目
标准分析项目
1) 数据过滤(去除adaptor,低质量的reads等)
2) 序列比对、覆盖度统计、测序深度统计
3) SNP/InDel/CNV/SV变异信息检测
4) SNP/InDel/CNV/SV多种数据库注释

高级分析项目

 

1肿瘤:
体细胞突变位点筛选;
基于质谱的 case/control 样品成对初步鉴定
成对样品的Somatic SNV/InDel/CNV检测、注释及统计
成对样品SNV/InDel的COSMIC 数据库注释分析
成对样品SNV的保守型预测
成对样品SV检测分析(CREST)及注释

影响氨基酸改变的突变基因的 CancerGeneCensus 数据库注释分析

 

2复杂疾病研究
样本设计以及power计算
群体SNP 检测和Genotype 分型检测
SNP注释与统计
群体SNP 质控
基于遗传数据的样本质控
基于单个SNP的关联分析
重要结论的获得。

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