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宏基因组测序

宏基因组学研究不要求对每个微生物进行分离纯化培养

宏基因组学研究不要求对每个微生物进行分离纯化培养,而是直接从样品中提取基因组DNA后进行测序分析。通过宏基因组测序,能够解释微生物群落多样性、种群结构、进化关系、功能活性及环境之间的相互协作关系,极大地扩展了微生物学研究范围。环境微生物多样性检测是指通过对环境中微生物16S rDNA高变区/ITS 的PCR扩增产物进行高通量测序,分析该环境下微生物群落的多样性和分布规律。

 

分析项目

标准分析项目

1. 去除宿主污染,产出数据及质控统计

2. 组装前,通过K-mer分析评估样品的测序深度

3. 序列组装

4. 基因组结构注释(串联重复序列注释、短回文重复序列注释、可变遗传因子注释、基因编码区域预测、NCBI NR库比对、致病岛预测、前噬菌体预测、毒力因子预测,可选)

5.基因功能注释(GO功能注释,KEGG通路注释,Swissprot数据库注释、COG功能分类)

6.比较基因组分析(基因家族分析,系统进化树构建,物种分期时间预测)

7. 生物种类和丰度估计

8. 样本间群落结构比较(多样本);

9. 微生物生物分布与环境关联分析(多样本);

 

高级分析项目

重要结论的获得;

聚类分析;

主成分分析;

通路富集分析;

功能富集分析;

个性化分析

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